我国的能源和优质蛋白质都越来越依赖于进口。利用棉籽可以生产生物柴油和无毒棉籽蛋白等产品。南京工业大学开发的拥有自主知识产权的集约化联产新工艺，通盘考虑棉油的萃取与化学转化，棉籽蛋白的保护与脱毒利用，减少了中间过程，高质量毛油不需要精制，也大大减少了废水排放量，这一新技术同时也适用于其它油籽。现将本项目介绍如下：

棉花是我国最重要的经济作物，棉籽是棉花的主要副产品，去壳后的棉籽仁含油30％～40％，含蛋白质31％～38％。棉籽不仅是一种植物油脂资源，也是一种营养价值较高的植物蛋白质资源。棉籽蛋白中氨基酸组成模式比较合理，其营养价值接近于大豆。但是长期以来由于两个原因阻碍了棉籽蛋白的应用。其一是由于棉籽含有对人和动物有毒的物质棉酚，使其难以利用其二是传统的植物油生产工艺需要高温蒸炒，在高温的作用下，蛋白质变性，可溶性变差，营养价值大大下降。如何统筹考虑既对棉籽进行有效脱毒，又免除高温对棉籽蛋白的损害，同时还能低成本地实现棉油的化学转化生产生物柴油？

南京工业大学于2006年申请的“联产脂肪酸酯、甘油和植物粗蛋白的新技术”专利，以双液相萃取的方法处理含油种籽，在得到营养价值保持良好的无毒饼粕的同时，以含有高质量植物毛油的非极性溶液用于酯交换反应，进而生产出较低成本的脂肪酸酯与甘油。针对以棉籽为原料而言，其特征及技术路线大致是：一是采用湿磨，集研磨萃取于一体，可省掉庞大的蒸炒、压榨设备，还可避免常规工艺轧胚过程中的粉化问题，有利于后续工艺的处理。二是用甲醇和正己烷两种溶剂协同处理含油棉籽。甲醇破坏细胞壁，协助油脂的提取，并溶解出棉籽中可溶于甲醇的成分，如棉酚、水、脂肪酸、色素以及胶质等。甲醇中可以添加5％左右的水，也可以添加浓度小于1％的碱或者食品酸作为助剂，以增强甲醇的破壁和脱毒的功能。正己烷萃取出棉籽中的油脂。三是液－液－固三相分离后，对甲醇相进行蒸发，回收甲醇；对固相进行干燥脱溶，得到无毒棉籽粕。四是溶解了毛油的正己烷相进入反应步骤，在碱性催化剂的作用下，毛油与新鲜甲醇进行酯交换反应。五是反应产物经过液液相分离，分别回收正己烷和未反应的甲醇，得到脂肪酸甲酯和粗甘油两个产品，前者也就是生物柴油。